Unutarnji ustroj uređen je Statutom Imunološkog zavoda (pročišćeni tekst), Pravilnikom o unutarnjem ustroju i načinu rada Imunološkog zavoda, Pravilnicima o izmjenama i dopunama Pravilnika o unutarnjem ustroju i načinu rada Imunološkog zavoda te Pravilnikom o dopuni Pravilnika o unutarnjem ustroju i načinu rada Imunološkog zavoda, a sukladno Zakonu o ustanovama (NN 76/1993, 29/1997, 47/1999, 35/2008 ) i Zakonu o zdravstvenoj zaštiti (NN 150/2008, 71/2010, 139/2010, 22/2011, 84/2011, 154/2011, 12/2012, 35/2012, 70/2012, 144/2012, 82/2013, 159/2013, 22/2014, 154/2014, 70/2016). Zavod obavlja poslove iz svoje djelatnosti u ustrojstvenim jedinicama.
