Bakterijska cjepiva su visoko imunogeni i neškodljivi proizvodi Imunološkog zavoda zahvaljujući kojima je kontinuiranim cijepljenjem u zadnjih pedesetak godina uspješno provedena zaštita stanovništva Hrvatske i drugih regionalnih prostora u pogledu bakterijskih oboljenja (difterija, tetanus, pertusis, polisaharidna cjepiva). Sama proizvodnja započela je 1954. godine. Postojeći kapaciteti su zadovoljavali hrvatsko i regionalno tržište, a višak je distribuiran u druge zemlje. Na domaćem tržištu Imunološki zavod jedini je dobavljač za bakterijska cjepiva koja proizvodi, a koja se nalaze u programu obveznog cijepljenja RH.
Kapacitet postojećih pogona za proizvodnju bakterijskih cjepiva je 8 milijuna doza godišnje miješanih bakterijskih cjepiva i 5 milijuna doza cjepiva protiv meningokoka.